بعد هجرة النبي (ص) أراد العديد من الرجال الزواج من إبنته (س) ولكن في هذه الأثناء تزوجها الإمام علي (ع)؛ لقد رافقت الفترة الأولى من حياة السيدة فاطمة (س) وأمير المؤمنين (ع) ظروف اقتصادية صعبة، لكنهما لم يحتجّا قط على الوضع.
وبعد هجرة النبي(ص) من مكة المكرمة إلى المدينة المنورة، أراد “عمر” و”أبو بكر” و”عبد الرحمن بن عوف” وآخرون الزواج من السيدة فاطمة (س) وفي هذه الأثناء كان الإمام علي (ع) مهتماً جداً بالزواج منها (س) نظراً لعلاقته العائلية بالنبي (ص) وأخلاق السيدة فاطمة (س).
بحسب المؤرخين لم يسمح الإمام علي (ع) لنفسه أن يتقدم لخطبة ابنة النبي (ص) فنقل “سعد بن معاذ” هذا الأمر إلى النبي (ص) فوافق النبي (ص) على اقتراح علي (ع).
وكان الإمام علي (ع) مثل غيره من المهاجرين، يعاني من وضع مالي صعب في الأشهر الأولى بعد الهجرة، لذلك، باع (أو رهن) درعه ودفع سعره مهراً للسيدة فاطمة الزهراء (س). تم عقد قران الامام علي (ع) والسیدة فاطمة (س) بحضور المسلمين في مسجد النبي (ص) بالمدينة المنورة.
وكانت الفترة الأولى من حياة السیدة فاطمة (س) والامام علي (ع) مصحوبة بظروف إقتصادية صعبة، حتى أنه في بعض الأحيان لم يكن لديهما طعام لإطعام أطفالهما. على الرغم من هذه الظروف الصعبة، لم تعترض السیدة فاطمة (س) على الوضع القائم، وكانت أحياناً تغزل الصوف لمساعدة زوجها في كسب لقمة العيش.
وبناء على نصيحة النبي(ص)، رغبت السيدة فاطمة(س) في أن تقوم بنفسها بالأعمال داخل البيت وكل ما يتعلق بأمور المنزل الداخلية، كما أن الأعمال خارج المنزل كانت مسؤولية الإمام علي(ع). عندما اصطفى رسول الله (ص) السيدة فضة النوبية لخدمة ابنته الصديقة الزهراء سيدة نساء العالمين (ع)، كانت السيدة الزهراء(س) تقوم بنصف أعمال المنزل بنفسها وتترك النصف الآخر للسيدة فضة النوبية.
وكان الإمام علي (ع) يحترم السيدة فاطمة (س) كثيراً وفي هذا السياق روي عن الامام علي (عليه السلام): “فوالله ما أغضبتها، ولا أكرهتها على أمر حتى قبضها الله عز وجل، ولا أغضبتني، ولا عصت لي أمراً، ولقد كنت أنظر إليها فتنكشف عني الهموم والأحزان”.
وتتفق المصادر الشيعية والسنية على أن الحسن (ع) والحسين (ع) وزينب (س) وأم كلثوم (س) هم أبناء فاطمة وعلي(عليهما السلام) الأربعة ويذكر في المصادر الشيعية وبعض المصادر السنية طفل آخر أُجهض بسبب الأضرار التي لحقت بفاطمة (س) في أحداث ما بعد النبي (ص) ويذكر اسمه محسِن أو محَسَّن.
وكان للسیدة فاطمة (س) العديد من الأنشطة الاجتماعية والمواقف السياسية ومن أعمالها قبل وفاة النبي(ص) هي الهجرة إلى المدينة المنورة، وعلاج النبي(ص) في غزوة أحد، والتواجد عند جثمان حمزة سيد الشهداء(ص) مع صفية أخت حمزة وعمة الرسول(ص) في غزوة أحد، وإيصال الطعام إلى النبي(ص) في غزوة الخندق ومرافقته.