يقع المرقد المقدس للسيدة الجليلة الكريمة فاطمة المعصومة (س) بنت الامام موسى بن جعفر الكاظم سابع ائمة الهدى (ع) في مدينة قم المقدسة،
حيث يحده من الشمال ساحة آستانه، ومن الشرق شارع آية الله المرعشي النجفي، ومن الجنوب الجامع الاعظم وشارع المتحف، ومن الغرب المدرسة الفيضية.
ولدت السيدة فاطمة المعصومة (س) عام 201 هـ. في المدينة المنورة وبعد سنة من وصول اخيها الامام علي بن موسى الرضا (ع) الى مدينة مرو في خراسان شمال شرق ايران، قصدت السيدة فاطمة المصومة (س) خراسان وكان يصطحبها (س) في هذه الرحلة عدد من اخوته وابناء اخوته.
بعد وصول هذه القافلة الصغيرة الى مشارف مدينة ساوه، سدّ أزلام الخليفة العباسي مأمون وبأمر منه الطريق امامهم، ووقعت معركة سقط فيها معظم رجال هذه القافلة الفاطمية (س) شهداء.
جراء وقوع هذا الحادث الدموي الاليم وتأثر فاطمة المعصومة (س) الروحي الشديد بوقوعه، اصابها (س) مرض شديد دام 17 يوما واخير وافتها المنية في اليوم العاشر من شهر ربيع الثاني، ووفقاً لرواية أخرى في اليوم الثاني عشر من الشهر نفسه، لسنة 201 هـ. عن عمر ناهز 28 عاماً، ولم تبصر عيناها الشريفتان برؤية وزيارة اخيه الامام علي بن موسى الرضا (ع). وهناك من الرواة من يقول ان السيدة فاطمة المعصومة (س) استشهدت مسمومة.
اول ضريح مطهر لمرقد السيدة الجليلة فاطمة المعصومة (س) تم تشييده في سنة 950 هـ.، وذلك بامر من الملك الصفوي طهماسب الاول.
هذا الضريح تمت زخرفة جميع اجزائه الاربعة بقطع قاشانية ولوحات معرقة، ووضعت فتحات عليه ليتمكن الزوار من إدخال نذوراتهم فيه فضلا عن مشاهدة المرقد الشريف. أما في سنة 1230 للهجرة وبامر من الملك القاجاري فتح علي شاه تمت تغطية هذا الضريح بالفضة.
الضريح المقدس للسيدة فاطمة المعصومة (س) قد خاض عمليات اعادة اعمار وتزيين عدة في السنين الماضية حتى اجريت عليه تغييرات أخرى في عام 1989 تتضمن روائع فنية خاصة.
واخيرا وفي مارس- آذار 2001، جرت عملية اعادة اعمار وتعديل واسعة على الضريح المطهر.
هذا المرقد بناء يتجلى فيه الفن المعماري الإسلامي، وتزينه النقوش الرائعة الجميلة، مما يجعله في غاية العظمة والجلال.
أما مساحة البناء بما في ذلك الحرم والأروقة والأواوين والصحن القديم والصحن الجديد وصحن النساء المعروف الآن بمسجد الطباطبائي أو “المتحف” والمكان المعروف بمسجد فوق الرأس ومقابر الملوك الصفويين وغيرها، فتبلغ ثلاثة عشر ألفا وخمسمائة وسبعة وعشرين مترا مربعا منها ألف وتسعمائة وتسعة عشر مترا مربعا مساحة الأرض التي تحت البناء والبقعة عن صحني الحرم.
هذا وشهدت قبة هذا المرقد المقدس عمليات اعادة اعمار وتحديث منذ اواسط القرن الثالث الهجري الى يومنا هذا وتحديدا في عام 2005.
قبة هذا الحرم الشريف هرمية الشكل قاعدتها ثمانية أضلاع وهي من الخارج مكسوة بصفائح الذهب، عليها كتابات وأشعار جميلة باللغة الفارسية في غاية الروعة والجمال.
يضمّ هذا المرقد عدداً كبيراً من قبور العلماء والأولياء والصّالحين، دفن أصحابها بجوار السيدة فاطمة المعصومة(س)، كما دفن في داخل الحرم عدد من العلويات وغيرهن، وكانت قبورهنّ متميزة تحت قبّتين، وأمّا اليوم فيضمهنّ ضريح واحد تحت قبّة واحدة، ولا يتميز من تلك القبور إلاّ مرقد السيدة فاطمة المعصومة (س) وقد وضع عليه صندوق خشبي.