كان الإمام الرضا (ع) يستند إلى الآيات القرآنية في مناظراته (ع) مع العلماء المسلمين من مختلف المذاهب الإسلامية وأيضاً مع غير المسلمين.
وكان الإمام الرضا (ع)يثبت حقانية الدين الإسلامي ونبوة الرسول (ص) من منطلق تفسيره الدقيق لآيات القرآن الكريم وتطبيقها على مختلف القضايا.
وإن الأسلوب الذي كان يتخذه الإمام علي بن موسى الرضا (ع) كان ذات تنوع كبير فـكان في بعض الأحيان يقوم بتبيين المعنى الظاهري والباطني للآيات القرآنية من خلال تفسيرها وفي بعض الأحيان كان يقوم (ع) بتطبيق آيات القرآن الكريم على قضايا تاريخية لإثبات صدق التنبؤات القرآنية.
باستخدام الآيات المحكمات كان يقوم الإمام الرضا (ع) بتفسير المتشابهات من القرآن الكريم وبالتالي الردّ على الشبهات التي كان يوجهها البعض للدين الإسلامي.
وبالإضافة إلى آيات القرآن الكريم، كان يستخدم الإمام علي بن موسى الرضا (ع) أقوال من الكتب المقدسة في مناظراته مع علماء الديانات الأخرى وكان يستند بمبدأ الوحدانية وغاية الدين.
ويستشهد الإمام الرضا (ع) بآيات القرآن الكريم لإثبات التوحيد ووحدانية الله سبحانه وتعالى، ونفي الشرك وعبادة الأوثان، والبعث، والحياة بعد الموت، وإثبات نبوة الأنبياء وخاصة نبي الإسلام(ع)، ومعجزاتهم، والإمامة وولاية أهل البيت(ع) وكان يشرح الأحكام والقوانين الإسلامية من خلال استشهاده بالآيات القرآنية، ويردّ على الشبهات المثارة في هذه المجالات.
ومن الشبهات التي طرحها رأس الجالوت باعتباره أحد أكبر علماء اليهود في مناظرته مع الامام الرضا(ع) أن نبي الإسلام (ع) لايمكن أن يكون نبياً، لأن كتابه الإلهي ليس باللغة العبرية. أشار الامام الرضا(ع) خلال هذه المناظرة إلى الآية الرابعة من سورة “إبراهيم” المباركة “وَمَا أَرْسَلْنَا مِنْ رَسُولٍ إِلَّا بِلِسَانِ قَوْمِهِ لِيُبَيِّنَ لَهُم” قائلاً: إن الله تعالى كان يرسل الأنبياء بلغة قومهم حتى يفهموا الرسالة الإلهية بشكل أفضل، فلهذا نزول القرآن باللغة العربیة فإنه لحكم كثيرة منها أن النبي(ص) الذي نزل عليه القرآن كان يعيش في أمة عربية.
إن القرآن الكريم معجزة خالدة، وحتى لو لم يكن باللغة العربية، فمن الممكن أن يكون كتاباً إلهياً. ولكن لكي يوصل الله سبحانه وتعالى رسالته إلى العرب على أحسن وجه أنزله باللغة العربية.