من أعمال يوم المباهلة أن يدعو بدعاء المباهلة وهو يشابه دعاء أسحار شهر رمضان. هذا الدعاء مروي عن الإمام الصادق صلوات الله وسلامه عليه، فتقول:

في آية المباهلة / السؤال: كيف تدلّ آية المباهلة على إمامة عليّ(عليه السلام)؟ الجواب: يستدلّ علماؤنا بكلمة: ﴿وَأَنفُسَنَا﴾(۱) على إمامة الإمام عليّ(عليه السلام)، تبعاً لأئمّتنا(عليهم

النصارى حتى هلكوا كلهم (١)، قالوا: فلما رجع وفد نجران لم يلبث السيد و العاقب إلا يسيرا حتى رجعا إلى النبي صلى الله عليه وآله