للإمام علي الهادي عليه السلام مناقب عديدة نذكر اربعة منها:
أحدها: العلم. فقد روي عنه في تنزيه الباري تعالى وتوحيده، وفي أجوبة المسائل وأنواع العلوم، الشيء الكثير، فممّا جاء عنه في تنزيه الباري تعالى، ما رواه الحسن بن علي بن شعبة في تحف العقول، أنه قال: “إنّ الله لا يوصف إلا بما وصف به نفسه، وأنَّى يوصف الذي تعجز الحواسّ أن تدركه، والأوهام أن تناله، والخطرات أن تحدّه، والأبصار عن الإحاطة به؟! نأى في قربه، وقرب في نأيه، كيّف الكيف بغير أن يقال كيف، وأيّن الأين بلا أن يقال أين، هو منقطع الكيفيّة والأينيّة، الواحد الأحد، جلّ جلاله، وتقدّست أسماؤه” .
ثانيها: الحلم. ويكفي في ذلك حلمه عن بريحة بعد ما وشى به إلى المتوكّل وافترى عليه وتهدّده كما يأتي .
ثالثها: الكرم والسخاء. قال ابن شهرآشوب في المناقب: دخل أبو عمرو عثمان بن سعيد وأحمد بن إسحاق الأشعري وعلي بن جعفر الهمداني على أبي الحسن العسكري، فشكا إليه أحمد بن إسحاق ديناً عليه، فقال: يا عمرو، وكان وكيله، ادفع إليه ثلاثين ألف دينار، وإلى عليّ بن جعفر ثلاثين ألف دينار، وخذ أنت ثلاثين ألف دينار. قال: فهذه معجزة لا يقدر عليها إلا الملوك، وما سمعنا بمثل هذا العطاء.
وفي المناقب: قال إسحاق الجلاب: اشتريت لأبي الحسن (ع) غنماً كثيرة يوم التروية، فقسمها في أقاربه.
رابعها: الهيبة والعظمة في قلوب الناس. في إعلام الورى، بسنده عن محمد بن الحسن الأشتر العلوي قال: كنت مع أبي على باب المتوكّل وأنا صبي في جمع من الناس، ما بين طالبي إلى عباسي وجعفري، ونحن وقوف، إذ جاء أبو الحسن، فترجّل الناس كلّهم، حتى دخل، فقال بعضهم لبعض: لمن نترجّل؛ لهذا الغلام، وما هو بأشرفنا ولا بأكبرنا سنّاً؟! والله لا ترجّلنا له. فقال أبو هاشم الجعفري: والله، لتترجّلنّ له صغرة إذا رأيتموه. فما هو إلا أن أقبل وبصروا به، حتى ترجّل له النّاس كلّهم .
فقال لهم أبو هاشم: أليس زعمتم أنَّكم لا تترجَّلون له؟! فقالوا له: والله ما ملكنا أنفسنا حتى ترجّلنا.
